Le département de bioinformatique du CVD-Mali assure la gestion des données et le soutien statistique de tous les projets de recherche de l'institution en développant des systèmes de données internes ainsi qu’en collaboration avec des partenaires externes pour soutenir des systèmes tiers. Le département fournit également un soutien informatique et infrastructurel pour tous les équipements déployés dans les activités de recherche. Depuis 2005, le département de la bioinformatique conduit et gère un Système de Surveillance Démographique sur deux sites à Bamako (Djicoroni Para et Banconi). L'équipe du système de surveillance a été impliquée dans diverses enquêtes épidémiologiques et cliniques au cours de cette période. L'unité de contrôle et d'assurance qualité du département est en liaison permanente avec l'équipe de surveillance interne pour assurer la conformité et l'intégrité des données générées.